O círculo vermelho que simboliza o Sol
A bandeira nacional do Japão é chamada de Hinomaru, palavra que significa literalmente "círculo do Sol". Não há certeza quanto ao primeiro aparecimento deste símbolo, embora já no século XII, durante as lutas por poder entre os clãs samurais Taira e Minamoto, os guerreiros tinham a predileção por desenhar círculos solares em leques desdobráveis, conhecidos como gunsen. Nos séculos XV e XVI, quando figuras militares viviam em esferas de grande influência, o Hinomaru era amplamente utilizado como insígnia militar. Em uma pintura antiga que descreve a batalha de Sekigahara, ocorrida em 1600, pode-se ver uma força militar cujas inúmeras bandeiras compartilham o Hinomaru. Apesar do círculo vermelho em um fundo branco ser o mais comum, em épocas passadas também existiam bandeiras com o círculo dourado em um fundo azul escuro.

A bandeira do círculo do Sol em barcos que transportavam o shogun
A utilização do Hinomaru como símbolo da nação japonesa começou com Toyotomi Hideyoshi, no século XVI e Tokugawa Ieyasu no século XVII, através de bandeiras colocadas em barcos enviados ao exterior. Uma pintura com cenas da cidade de Edo (atual Tóquio) do século XVII mostra uma bandeira Hinomaru sendo usada como símbolo de um navio que transportava o shogun. Durante o período de isolamento japonês (1639-1854), o comércio e qualquer outro tipo de relações com nações estrangeiras, exceto China, Coréia e Holanda, foram proibidos, mas depois de 1854, quando o shogunato Tokugawa começou a comercializar com outros países (incluindo os Estados Unidos e a Rússia), os navios mercantes japoneses fizeram uso novamente da bandeira Hinomaru.

Em 1854 o shogunato Tokugawa aceitou a proposta de Shimazu Nariakira, do domínio de Satsuma, e ficou decidido que os barcos japoneses usariam "a bandeira do círculo vermelho sobre o fundo branco", para não serem confundidos com vassalos estrangeiros. A bandeira Hinomaru foi hasteada no Karin Maru, o navio oficial que carregava os oficiais japoneses enviados aos Estados Unidos em 1860.

O Hinomaru como a bandeira do Japão moderno
Em 1868, depois que o clã Tokugawa perdeu o poder político, o governo Meiji se estabeleceu. De acordo com a proclamação número 57, elaborada pelo grande conselho de Estado (Daijokan) em 27 de janeiro de 1870, o Hinomaru foi reconhecido oficialmente como a bandeira do Japão para uso em expedições comerciais.

O Hinomaru foi utilizado em prédios governamentais pela primeira vez em 1872, e a partir desse ano o calendário lunar foi substituído pelo calendário solar. Naquela época, inúmeras famílias de cidadãos comuns e estabelecimentos não governamentais, também expressaram o desejo de hastear o Hinomaru nos feriados. Nos anos subsequentes, o número crescente de notificações e documentos com pedidos semelhantes, reforçou o status do Hinomaru como a bandeira que simboliza o Japão.

A outra bandeira
Durante a Segunda Guerra Mundial uma outra bandeira japonesa era hasteada nas bases militares e utilizadas pelos soldados, de modo que ficou em bastante evidência, pois até hoje permanece no imaginário das pessoas. Trata-se da bandeira conhecida como insígnia naval, ou bandeira do Sol nascente.

A bandeira naval possui 16 raios que se extendem do Sol às bordas da bandeira, foi introduzida em 1889 e utilizada até o final da Segunda Guerra Mundial. Muitos podem concluir errôneamente que a bandeira naval serviu como uma espécie de protótipo para a bandeira Hinomaru, o que é falso pois ambas as bandeiras já existiam na época do conflito mundial. A insígnia naval foi banida pelo Tratado de São Francisco, o qual proibia o Japão de ter as suas próprias forças armadas, mas em 1952 começou a ser utilizada para representar as forças de auto-defesa. A força naval readotou-a em 1954.